作为国家现代农业示范区，永吉县始终把发展农民专业合作社作为现代农业建设的一项重要工作，按照“因地制宜、多元创办，政府扶持、部门指导、市场运作、行业自律”的发展思路，通过宣传《农民专业合作社法》、强化培育示范典型、加强服务指导、完善政策引导等措施，有力促进了农民专业合作社健康快速发展，农民专业合作社基本覆盖了全县农村各主导优势产业。
截至2018年12月末，永吉县在工商部门注册的农民专业合作社达到1037个，其中，种植业649个，养殖业80个，林业112个、服务业147个，其他49个。2018年，新增68家，注销35家，入社成员29553人，带动农户33471户，注册资金17亿多元。经营的产业涉及到粮食、果品、紫苏、食用菌、芦笋、柞蚕、苗木、中药材、鹿产品、黄牛、猪、家禽、林蛙、秸秆等十几个产业。
自《农民专业合作社法》实施以来，全县农民专业合作社迅速发展，合作社数量逐年攀升。近年来，虽然每年都有新注册的合作社，但同时也出现了注销合作社的现象。经统计，全县共注销合作社71个，其中，2018年注销35个。
目前，全县已注册的农民专业合作社，从其组建形式上来看，有“合作社+农户”、“合作社+示范基地+农户”、“合作社+经营大户+农户”、“合作社+公司+农户”；从其经营领域来看，有从事种植业、畜牧养殖业、林果业、农产品加工业、农资购销、农机服务及农技推广业；从其发展区域上来看，既有村域、乡（镇）域范围内的，也有跨乡镇在全县范围经营的。全县农业的主要产业都有农民专业合作社，合作的深度也已从单纯的生产环节扩展到产前、产中、产后等生产经营活动全过程。
2018年7月，永吉县开展了农民专业合作社示范社和示范家庭农场创建工作，按照“公开、公平、公正”原则，经农民专业合作社自愿申报，乡镇登记、筛选、初审，县级审查、复核及公示无异议，推荐省级并认定为农民专业合作社示范社5家；推荐市级并认定为农民专业合作社示范社6家；县级认定农民专业合作社示范社82家，并公布了农民专业合作社示范社名录。
几年来，全县把积极引导和培育农民专业合作社发展作为农村全面建设小康社会的一项重要工作，按照产业优势和地方特色，积极培树各类农民专业合作社典型，多措并举，助推其做大规模，发挥示范引领作用。
2018年，永吉县共有48个合作社被列为示范社，获各类项目资金总额为859.61万元。其中，认定26个合作社为国家示范社项目，认定有16个合作社为省级示范社，认定6个合作社为市级示范社。
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