为落实国务院办公厅《关于对真抓实干成效明显地方加大激励支持力度的通知》（国办发〔2016〕82号）要求，根据《中央引导地方科技发展专项资金管理办法》（财教〔2016〕81号，以下简称《管理办法》），科技部、财政部制定了专项资金绩效考核实施办法。
一、目标要求
通过对各省、自治区、直辖市、计划单列市以及新疆生产建设兵团（以下简称地方）组织实施中央引导地方科技发展专项资金绩效情况进行评价，对改善地方科研基础条件、优化科技创新环境、促进科技成果转移转化以及落实国家科技改革与发展重大政策成效较好的地方，根据绩效评价结果，在下一年度中央引导地方科技发展专项资金分配中给予一定倾斜，激励地方强化管理、创新机制、精准服务，提高专项资金实施绩效，加强区域内科技创新能力建设。
二、绩效考核的评价指标
按照《管理办法》，绩效考核确定的评价依据主要为以下三个方面：一是专项资金的使用绩效情况；二是地方落实国家科技改革与发展重大政策情况（近期主要指落实《促进科技成果转化法》、《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号）、《国务院印发关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案的通知》（国发〔2014〕64号）以及《中共中央办公厅 国务院办公厅印发<关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见>的通知》等）；三是地方对专项资金三年滚动规划的编制质量、分配的合规性、组织管理水平等情况。
按评价依据考虑的三个方面，具体的评价指标设计与权重分配详见下表（表1 绩效考核因素评价表），由科技部、财政部委托第三方机构对下述指标进行量化打分计算，确定考核结果。
表1 绩效考核因素评价表
表1 绩效考核因素评价表
| 因素权重分配 | |
| 一级指标 | 二级指标 |
| 专项资金的使用绩效情况（40%） | 数量指标完成情况（10%） |
| 时效指标完成情况（10%） | |
| 经济效益指标完成情况（10%） | |
| 社会效益指标完成情况（10%） | |
| 地方落实国家科技改革与发展重大政策情况 （30%） |
地方是否出台配套文件（10%） |
| 地方政策举措与中央政策的协调性和衔接度（10%） | |
| 地方出台措施的实施效果（10%） | |
| 地方对专项资金三年滚动规划的编制质量、分配的合规性、组织管理水平等情况 （30%） |
滚动规划的编制质量（10%） |
| 实施方案体现国家意图与区域发展的协调性（10%） | |
| 滚动规划、实施方案报送的时效性（10%） | |
三、绩效考核的评审程序
每年12月上中旬，按国办发〔2016〕82号文要求，结合专项转移支付的绩效考核因素，科技部、财政部向地方科技部门、财政部门发通知，要求在下一年度1月6日前，一是对照当年度专项资金绩效目标表，地方科技部门、财政部门提交地方专项资金绩效完成情况报告；二是提交地方落实国家科技改革与发展重大政策情况的工作报告，近期主要指科技成果转化、深化地方科技计划管理改革、改善科研项目资金管理等方面出台政策文件、实施细则、具体措施以及实施效果的工作报告。
受托第三方机构在下一年度1月17日前，根据地方提交的专项资金绩效完成情况报告、落实国家科技改革与发展重大政策情况的工作报告，以及三年滚动规划、实施方案等资料，同时采取实地调研走访等方式，核实印证，在此基础上，对照绩效考核因素评价表中的指标完成数据汇总，完成考核量化打分。
四、绩效考核的结果应用
按考核得分，定性评价，形成“优、良、及格”三个等级的考核结果。年度考核确定为优的比例不超过考核地方总数的15%，即不超过5个地方。根据《管理办法》，考核结果将在年度专项资金管理因素中体现，在专项资金分配中给予倾斜支持。
科技部、财政部将考核结果在两部网站上公示5天，接受公众监督。结果若无异议，将在下一年度1月25日前，将考核为优、在专项资金分配计算获得倾斜支持的地方名单报国务院办公厅。
五、专项资金倾斜支持的使用要求
按照因素法应用考核结果确定的地方年度专项资金分配金额，在全国人大审查批准中央预算后90日内正式下达到各地方。获得专项资金倾斜支持的地方，应按照《管理办法》规定使用专项资金。
中央引导地方科技发展专项资金绩效报告提纲
一、地方专项资金的整体情况
（一）地方专项资金用途、支持范围、支持主要内容。
（二）年度预算绩效目标、绩效指标设定情况，包括预期总目标及阶段性目标。
二、专项资金使用及管理情况
（一）项目资金（包括财政资金、自筹资金等）安排落实、总投入等情况分析。
（二）项目资金实际使用情况分析（2016年度）。
三、组织实施情况
（一）项目组织情况（包括项目遴选程序、各层级部门的职责分工、工作推进情况）分析。
（二）项目管理情况（包括业务和经费管理制度建设、日常检查监督管理制度设计及具体实施等情况）分析。
四、专项资金绩效情况
（一）绩效目标完成情况分析。将专项实施的实际状况与申报的绩效目标对比，产出指标主要从科研条件建设、技术创新平台建设、科技创新创业服务机构、科技创新示范项目等四方面主要任务的完成情况进行量化分析，用数据和实例予以说明，并论述产出的质量和水平。
效益指标主要从经济效益、社会效益等方面进行量化分析，其中社会效益从改善地方科研基础条件，优化科技创新环境，促进科技成果转移转化，提升区域科技创新能力等方面分别进行描述，用数据和实例予以说明。
（二）绩效目标未完成原因分析。
五、其他需要说明的问题
（一）后续工作计划。
（二）主要经验及做法、存在问题和建议。（包括资金安排、使用过程中的经验、做法、存在问题、改进措施和有关建议等）