四川省人大法制委员会副主任委员朱识平在对二审稿进行说明时表示，有省人大常委会组成人员和“调研征求意见”提出，沱江流域关系到多个市级区域，要加强省级层面的统筹协调力度，全面摸清基本情况，建立断面水交接的严格监控等制度，提升沱江流域环境资源承载能力。法制委员会研究认为，依法贯彻落实国家关于水环境保护的最新政策，有利于完善水环境保护的责任主体。为此，二审稿提出，县级以上地方人民政府应当完善沱江流域水环境监测网络体系，建立生态环境保护投入与成效调查体系和长效监测机制。省人民政府应当组织有关部门或者委托专业机构，对沱江流域环境状况进行调查、评价，建立沱江流域环境资源承载能力监测预警机制。省人民政府应当依法确定沱江流域水资源利用上线，加强水资源实时监控管理系统建设，实行最严格的水资源管理制度。县级以上地方人民政府应当严守本行政区域沱江流域水资源利用上线。二审稿还提出，省人民政府应当组织相关部门依据流域水质目标、区域功能划分、容量总量核定的环境准入条件和相关技术规范，确定沱江流域生态环境准入清单。县级以上地方人民政府应当制定黑臭水体总体整治计划并向社会公布。
为处理好突发环境事件和公众反映强烈、影响社会稳定的突出水环境问题等事项，二审稿在出现“水环境质量明显恶化的；未完成水环境质量改善目标的；超过重点水污染物排放总量控制指标的；未完成水污染防治重点任务的四种情况，省人民政府生态环境主管部门应当会同有关部门约谈该地区人民政府主要负责人”的基础上，增加了三项环保约谈情况，包括发生或者可能继续发生重特大突发环境事件，或者落实重特大突发环境事件相关处置整改要求不到位的；存在公众反映强烈、影响社会稳定的突出水环境问题的，或者屡查屡犯、严重环境违法行为长期未纠正的；对生态环境保护督察发现的水环境问题整改不力等。
另外，考虑到四川省沱江保护任务艰巨，迫切需要在制度上进行探索，通过政府主导和市场化手段，建立有效的生态保护补偿机制，通过环境污染责任保险、排污权交易制度，促进企业珍惜环境资源、激励企业依法减排，有利于沱江流域实现可持续的水环境保护，二审稿分别规定了沱江流域横向生态保护补偿机制、环境污染责任保险、排污权有偿使用和交易的相关内容，并授权省人民政府制定相关具体办法。